يهدف برنامج ماجستير هندسة المياه والبيئة إلى إعداد علماء ذوي معرفة بالقضايا البيئية، حيث صمم هذا البرنامج من قبل أفضل الباحثين الأكاديميين في معهد الدراسات المائية والبيئية في جامعة النجاح الوطنية والذي يسعى للاستفادة من الخبراء في هذا المجال بالإضافة إلى الاستفادة من برامج العلوم التطبيقية في الجامعات والمعاهد الإقليمية الأخرى، كما يركز البرنامج على دراسة الآثار البيئية المترتبة عن الممارسات البشرية في الحاضر والمستقبل على البيئة والموارد الطبيعية.
تتألف الخطة الدراسية لهذا البرنامج من 36 ساعة دراسية معتمدة (18ساعه منها إجبارية وأخرى اختيارية)، ويهدف البرنامج إلى إكساب الطلبة المعرفة البيئية ليصبحوا قادرين عل العمل في المجال البيئي، حيث يحتوي على مجموعة واسعة من المساقات الاختيارية التي تعد الطلبة ليكونوا قادرين على تطبيق معرفتهم التي اكتسبوها خلال مسيرتهم التعليمية ومتابعة مسيرتهم المهنية في هذا المجال.
يضم البرنامج طاقماً مميزاً من أعضاء الهيئة التدريسية ذوي الخبرة القيمة في الأوساط الأكاديمية والقطاع العام وقطاع الشركات، كما يضمالبرنامج مسار الرسالة الذي يتكون من 30 ساعة معتمدة إضافة إلى 6 ساعات للرسالة لإجراء أبحاث دراسية عن مشاكل المياه والبيئة.

المهارات المتوقع أن يكتسبها طلبة ماجستير هندسة المياه والبيئة:

1. إدارة الموارد المائية والنمذجة الهيدروليكية.
2. إدارة جودة الموارد المائية.
3. كيمياء المياه التطبيقية وعلم الأحياء الدقيقة.
4. إدارة الموارد المائية والنمذجة.
5. معالجة وتصميم المياه ومياه الصرف الصحي.
6. مياه الصرف الصحي والمرافق الصحية.
7. نمذجة وإدارة المياه الجوفية.
8. انظمة المياه.
9. الرصد والتحليل البيئي ومكافحة التلوث وإدارة النفايات.
10. الإدارة البيئية.
11. الانظمة البيئية.
12. الكيمياء البيئية.
13. التخطيط البيئي.
14. إدارة البيانات بما في ذلك التحليل الإحصائي، والمحاكاة، والنمذجة الحاسوبية.
15. إدارة المخلفات.
16. تقييم الأثر البيئي.