برنامج ماجستير التاريخ هو أحد برامج كلية الدراسات العليا، بمساريه: الأطروحة والامتحان الشامل، ويشتمل البرنامج وفق المسار الأول على ثلاثين ساعة معتمدة اجبارية واختيارية يدرسها الطالب على مدار الفصول الدراسية المسموح بها، وتتضمن مساقات تغطي جميع مراحل وعصور التاريخ الإسلامي والحديث والمعاصر، هذا بالإضافة إلى مساقات بحثية تعتمد في دراستها على نمط البحث والسيمينار كالمساقات التي تبدأ أسماؤها بحلقة بحث، أما الأطروحة التي تعادل ست ساعات أكاديمية معتمدة، فعلى الطالب إنجازها قبل انتهاء فترة دراسته في البرنامج، وأما بالنسبة لمسار الشامل فعلى طلبته اجتياز ست وثلاثين ساعة معتمدة قبل خضوعهم للامتحان الشامل.