يشرف على الجامعة مجلس أمناء يضم في عضويته 16 شخصية من الشخصيات الوطنية، ويتولى عدداً من المسؤوليات والصلاحيات منها:

• العمل على توفير الموارد المالية للجامعة وتنميتها.
• إقرار الموازنة، وتفويض من يراه مناسباً بالصرف والإشراف على كافة الأمور المالية، وفقاً لنظام مالي يقره المجلس. 
• إقرار الأنظمة المالية والإدارية، وكادر الموظفين، والهيئة التدريسية، وأية أنظمة أخرى تقتضيها مصلحة الجامعة و/أو تعديلها و/أو إلغاؤها.
• تعيين موظفي الإدارة وأعضاء الهيئة التدريسية وكافة الموظفين، وإنهاء خدماتهم، واتخاذ كافة الإجراءات المتعلقة بذلك.
• ينتخب مجلس الأمناء من بين أعضائه رئيسا، ونائبا للرئيس، وأمينا للسر.

يرعى مجلس أمناء الجامعة جوانب المعرفة المختلفة، ويسعى إلى توفير برامج أكاديمية متميّزة وذات نوعية عالية لكل من مرحلتي البكالوريوس والدراسات العليا في مختلف حقول العلم. كما يؤدي دورا رئيسيا في الحفاظ على الموروث الثقافي والاجتماعي الفلسطيني، ويشجع البحث العلمي الهادف، والتجارب العلمية؛ بهدف تعميم ثقافة المعرفة والعلم في فلسطين.

يؤدي أعضاء مجلس الأمناء دورا رئيسيا فيما يتعلق بتقديم المساهمات، والإشراف على برامج الجامعة ومواردها المالية والمادية. كما يقوم الأعضاء أيضا بتأمين الدعم المالي للجامعة من خلال مختلف المؤسسات المحلية والعربية والدولية. من بين صلاحيات الأمناء صلاحية تعيين رئيس الجامعة.