أنشئت هذه الكلية في العام الدراسي 1999/2000، وذلك انطلاقاً من القناعة بالأهمية القصوى لوجود كلية طب في فلسطين، تتولى مسؤولية التعليم الطبي ورعايته في مختلف مراحله، ورفع مستوى الأداء المهني ووضع برامج التعليم الطبي المستمر، ولتصبح قاعدة للبحث العلمي.

وأخذاً بتوصيات العديد من الخبراء تظافرت الجهود لإنجاح كلية الطب الفلسطينية، بمشاركة جامعة القدس وجامعة الأزهر في غزة، يكون مقرها الرئيسي وإدارتها المركزية في جامعة القدس، وتكون لهذه الكلية إدارات في جامعة النجاح وجامعة الأزهر وفق أنظمة وشروط علمية وإدارية محددة لتحقيق الأهداف المنشودة، وابتداءً من العام الدراسي 2006/2007 تم البدء بالتعليم السريري في الكلية بموافقة وزارة التربية والتعليم العالي.

وفي العام الأكاديمي 2007/2008 حصلت كلية الطب في جامعة النجاح الوطنية على اعتراف وزارة التربية والتعليم العالي بوصف كلية طب مستقلة، حيث شكلت هذه الخطوة تتويجاً لجهود إدارة الجامعة والكلية، ونقطة مهمة للانطلاق نحو مزيد من الإنجازات والتقدم؛ للوصول بالكلية وخريجيها لأعلى المستويات محلياً ودولياً.

ونظراً لأهمية وجود مستشفى تعليمي متطور يغطّي حاجات الطلبة في المرحلة السريرية، والحاجة إلى تقديم الخدمات الصحية للمجتمع المحلي في جميع المجالات، يجري العمل الحثيث في الوقت الراهن على المضي قدماً في إنشاء هذا الصرح الطبي المميز، حيث من المتوقع أن يبدأ العمل به خلال فترة قصيرة.

ويستند قبول الطلبة في الكلية إلى معدل الثانوية العامة بشكل تنافسي، بحيث يتناسب والقدرة الاستيعابية للكلية، واجتياز السنة الأولى بنجاح حسب تعليمات الكلية ، ويدرُس الطلبة الملتحقون في كلية الطب المرحلة الأساسية وقبل السريرية في حرم جامعة النجاح الوطنية ، وتتم المرحلة السريرية في المستشفيات والمراكز الصحية الحكومية وغير الحكومية، وقريباً في مستشفى النجاح الجامعي.