نشأت فكرة المختبر الطبي المركزي بعد افتتاح قسم التحاليل الطبية في جامعة النجاح الوطنية، عام 1986 حيث تولّدت هذه الفكرة عام 1987، من أجل أن يكون هذا الصرح مكملاً لقسم التحاليل الطبية، وهكذا يكون القسم قادراً على تخريج طلبة مؤهلين من الناحيتين العلمية والعملية من جهة، ومن أجل خدمة قطاعات الشعب الفلسطيني من جهة أخرى. ولكن ظروفا حالت دون تحقيق هذه الفكرة، منها: الاحتلال البغيض وظروف الإغلاق، وبقيت النيّة موجودة حتى أصبحت، بحمد الله، واقعا ملموساً، والآن أصبح المختبر الطبي المركزي قادراً على تقديم خدماته.